上海市青浦区中心医院始创于1948年，前身为中国红十字会青浦分会医院，经过半个多世纪的艰苦创业，如今已成为青浦集医疗、教学、科研、预防于一体的综合性医院。
为了造福青浦人民，增强医院综合实力。2002年1月5日，青浦区卫生局与复旦大学附属中山医院共同组建复旦大学附属中山医院青浦分院、上海市青浦区中心医院。
新院座落于上海西区青浦镇，位于青浦新城区公园东路北侧，东临青浦区高级中学。医院占地64800平方米，建筑面积53000平方米，总投资为2.3亿元，是一所建筑格调高雅，既体现江南水乡特色，又具新世纪先进医学科技设施的花园式现代化医院。
数字化X射线摄影系统（DR机）、16排多层螺旋CT机、数字化彩色多普勒超声诊断仪、全自动酶免分析仪、全自动生化分析仪、全自动化学发光仪、电子胃镜系统、电子支气管镜、环氧乙烷灭菌器、全自动五分类血液分析仪、DSA（中C臂机）、500mAX光拍片机、数字胃肠机、ICU中央监护系统等大中型先进仪器，拥有全套胸腔镜、腹腔镜、前列腺汽化电切镜，定量PCR仪、血透机、呼吸机、全麻机、高压氧舱等设备。
1994年通过了中华人民共和国卫生部二级甲等医院评审。
1999年被评为上海市十佳爱心助老特色基地，连续五届被评为上海市文明单位，曾荣获青浦区"五好"党支部、"六好"党委、青浦区思想政治工作先进单位称号。
2006年荣获青浦区科技进步奖6个，其中神经外科的"急性颅脑损伤后血清胰岛素、胰高血糖素、C肽、甲状腺激素和促甲状腺素及血糖的研究"获一等奖，高压氧舱及护理部监护室的课题获二等奖，内科、五官科、放射科的课题获三等奖。
组织开展院内特色专科遴选工作，通过打擂台的形式最终有内科心血管、肝胆外科、骨科和产科作为特色专科入选。