会泽县中医院成立于1953年6月，时称会泽县中西医联合诊所，1956年5月，联合诊所与几家私营药堂成立会泽县公私合营联合中医院，有职工41人，病床10张；1958年会泽划并东川市，1959年6月，会泽县公私合营联合中医院改名为东川市联合中医院； 年改称会泽县中医院。
2003年县编制委员会核定医院人员编制140人，属财政差额拨款单位。至2005年底，主要设备有：美国500毫安带电视X光机、美国欧美达麻醉机、美国全自动血球分析仪、日本东芝B超等大型医疗设备20余台件，病床100张，医疗救护车1辆。
经过近50年的发展，医院已发展成为一所以中医为主，西医并重，集医疗、教学、科研为一体的国家二级乙等中医院。内设门诊部、住院部及急诊科、中医科、外妇科等21个科室。是会泽县定点医疗保险医疗机构，新型农村合作医疗定点医疗机构及工伤保险定点医疗机构。