西安马应龙肛肠医院是西安市卫生局直接管理的一所二级甲等中医肛肠专科医院，以治疗和研究肛肠病为主。西安马应龙肛肠医院前身为“西安肛肠医院”。
1988年8月在北郊开诊，2011年9月经西安市卫生局批准与马应龙药业集团合作，西安肛肠医院更名为西安马应龙肛肠医院。2014年5月医院搬迁至西安火车站尚勤门里435号，现在是马应龙连锁医院投资公司在西北地区设立的区域中心医院。
医院在毛宽荣院长的带领下，拥有李怀宝、职利琴、司克、陈文平、李朝阳、冯海龙、沈云天等一大批肛肠届老专家和中青年手术骨干，技术力量雄厚，专科特色明鲜。医院主要诊治范围为痔疮、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、肛乳头肥大、肛门畸形、直肠脱垂、结、直肠癌、便秘、结肠炎等，还开展内、外、妇、儿、针灸、推拿、治未病等常见病的诊治。同时开展PPH手术、腹腔镜下直肠癌低位保肛切除术、电子肠镜下各种治疗术、小儿先天性肛门畸形、便秘外科手术等，目前是西北地区规模较大的肛肠专科医院。
西安马应龙肛肠医院现设置床位300张。现有员工240人，环境舒适，设施齐全。是陕西省医保、陕西省新农合、西安市医保、西安市新农合、西安市居民医保定点医院，泰康人寿等商业保险定点医院，也是省内各地市和青海、新疆城镇职工、城镇居民异地就医结算定点医院，[2] 同时，也是省市农合、医保报销直通车医院，患者出院时即可在院内直接报销。[3]
医院二十多年来始终以“中西结合，以现代科技兴院办医;诚实可信，为患者解决实际问题”为医院宗旨，大力推广各种公益活动，[4] 继承中医诊治传统，借助西医创新的科技，形成中西医结合标本兼治、微创无痛治愈肛肠病的治疗特色，切实为前来求诊的肛肠病患者能解决病痛实际问题。