新疆维吾尔自治区中医医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的综合性中医医疗机构。1956年4月，经自治区卫生厅批准，在新疆公费医疗门诊部的基础上成立了自治区中医门诊部；1959年7月1日正式挂牌成立新疆维吾尔自治区中医医院；1986年4 月在保留新疆维吾尔自治区中医医院名称的同时，又挂牌成为新疆中医学院附属医院；1998年9 月新疆医科大学成立以后，更名为新疆医科大学附属中医医院。2001年11月，医院与中医研究所顺利合并，经自治区编委批准挂有五块牌子，即：新疆维吾尔自治区中医医院、新疆维吾尔自治区中医药研究院、新疆医科大学附属中医医院、新疆医科大学第四临床医学院和新疆中医名医名方研究开发中心。医院现有在职职工938人（不包括合同工、临时工），行政管理人员29人，工人97人（含商业联办划转职工），专业技术人员812人，其中正高职称专业技术人员48人，副高职称专业技术人员115人，中级职称专业技术人员304人。医院现设有一个分院（开发区医院）、三个门诊部（黄河路门诊部、大十字门诊部、幸福路门诊部）和一个戒毒康复中心。
新疆维吾尔自治区中医医院按照“以顾客为关注焦点，以员工为中心，永续创新”的服务宗旨和“追求诚信卓越、共享仁爱健康”的质量方针，把 “以人为本”的理念融入到了医院的行风建设、队伍建设、文化培育、文明服务、典型培养、勤政建设等各项工作中，通过全院上下团结一致、努力奋斗，使医院走上了一条健康、快速的可持续发展道路 ，实现了患者满意、员工爱戴、专家认同、社会推崇这一目标。
新疆维吾尔自治区中医医院2001年被乌鲁木齐市消费者协会评为“诚信单位”；2002年被评为自治区级精神文明单位；2003年1月通过了ISO9001质量管理体系认证；2003年3月医院荣获自治区“十佳医院”称号；2004年荣获“全国卫生系统先进集体”和“全国卫生系统行风建设先进单位”称号。连续3年获得“医院文化建设先进集体”称号；2005年荣获“全国文明单位”称号；2006年10月被国家中医药管理局评为“中医药科技管理工作先进集体”光荣称号。
新疆维吾尔自治区中医医院年门诊量75万余人次，编制床位1300张，床位使用率近几年来始终保持在110%以上；业务收入3.5亿元。
新疆维吾尔自治区中医医院机构设置：
1、党政机构设置：医院委员会办公室、监察室、纠纷办、工会、院长办公室、人事科、医务部、护理部、医改办、财务科、住院部、保卫科、基建工程部、物资供应部、设备科、保健科、感染办、科教科、中医药信息中心。
2、药学机构设置：药学部
3、医技科室设置：临床检验中心、影像中心、功能科、病理科
4、临床科室设置：干部保健科（干一科、干二科、VIP病房）内分泌科、心血管科（心内一科、心内二科、介入治疗室、CCU病房）、神经内科（脑卒中病房、康复中心、心身科）、风湿科、呼吸科、肝胆消化科、肾病中心（血液净化室）、高血压科、老年病科、血液科、肿瘤科 、泌尿科、急救中心（内科ICU病房、外科ICU病房）、针灸科、普外科（普外一科、普外二科）、肛肠科、骨伤科（骨一科、骨二科、骨三科）、脊柱外科（脊柱一科、脊柱二科）、神经外科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、妇科、儿科、口腔科、推拿科、手术麻醉科、感染性疾病科、理疗科，其中心血管专科被批准成为国家中医药管理局重点中医专科。肛肠科、皮肤科、眼科、血液科被批准为国家协作建设单位。
新疆维吾尔自治区中医医院加强制度建设（通过了ISO9001国际质量管理体系认证）、质量建设和基础设施建设。医院党委认为：改善医院的就医环境，为全疆各族人民提供少有的医疗便利是医院办院的价值取向。在医院的发展过程中，我们深刻体会到：医院的短期繁荣是可以通过许多方式获得，而医院持续增长的力量却只能从核心理论中获得，只有那些符合社会规律和人性健康需要的核心理论，才会把医院逐步引上更加宽阔的成功之路。医院之成功是观念和思维方式的成功，我们正是在以顾客为关注焦点，以员工为中心，永续创新中得以发展、得以壮大；我们正是通过服务于员工实现员工管理，服务于顾客实现顾客管理。医院发展的同时也体现了如今现代社会竞争的主流是商业模式的竞争，是战略性思考的竞争，更是价值观的竞争。改革之核心，就在于重新塑造价值观，重新认识人性。
新疆维吾尔自治区中医医院近几年通过加强文化建设，改善硬件条件，狠抓服务和内涵建设，树立了努力实现个人、集体、社会的共同进步的价值观，向社会传达了本院以人为本的宗旨，给社会一种信心和力量，从而为医院的发展带来充足的财富。医院是在观念创新、制度创新、管理创新、运行模式创新，以及行为规范的前提下实现可持续发展的。医院今后将不断探索适合中医医院发展的经营之路，以我们的执着与努力提供一个技术优良、服务优质、深受各族患者信赖的中医医院。
新疆维吾尔自治区中医医院曾获得过多次表彰：
1994年被国家中医药管理局评定为“全国三级甲等中医院”
1995年被卫生部，国家中医药管理局，人事部授予“全国卫生系统先进单位”
1997年被卫生部评定为“全国医院文化建设先进单位”
1998年被卫生部审定为“临床药理研究基地”
2001年被自治区精神文明委授予“自治区文明单位”
是自治区，乌鲁木齐市，新疆生产建设兵团城镇职工基本医疗保险定点医院。
新疆维吾尔自治区中医医院将继续本着“一切为了病人，为了病人一切，为了一切病人"的宗旨，同心同德，艰苦奋斗，不断探索适合中医院发展的经营之路，跨出国门，走向世界。以我们的执着与努力为弘扬祖国传统医药学再创新的辉煌，提供一个技术优良，服务优质，深受各族患者信赖的中医医院。