庆元县中医院于1984年5月成立，1988年3月正式对外开诊，1995年被县委、县政府命名为文明单位，1997年评定为国际二级乙等中医院。1999年通过国际爱婴医院达标，2000年通过浙江省放心药房验收和丽水市药品质量信得过单位复审。医院占地面积3300M2，建筑面积6980M2，开设床位100张，实行24小时门诊制，双休日、节假日照常全方位开放。
庆元县中医院是我县单一具有中医特色的综合性中医院，是我县城镇职工基本医疗保险首批定点医院。医院下设办公室、医务室、护理部、总务科、财务科等5个职能科室，门诊部分设急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、中医科、伤骨科、针炙科、推拿科等25个临床科室，住院部分设一病区（内儿科）、二病区（妇产科）、三病区（外骨科）3个专业病区和1个手术区。现有职工146人，全院共有专业技术人员121人，其中正高级职称1人，副高级职称3人，中级职称15人。多年来已形成中医伤骨科、中医儿科、针推科、肝胆病专科等特色拳头科室，在骨折传统手法整复、腰腿痛治疗、小儿常见病治疗等方面形成了自己的治疗特色。在发挥中医特色的同时，注重西医和中西结合的发展，肛肠痔瘘科在中西医结合方面形成特色。医院拥有美国康仁型快速全自动生化分析仪、500mAｘ光机及电视摇控系统、日本欧林巴斯GIF-XQ30型电视纤维胃镜、日本MA4210型尿液分析仪、彩色经颅多普勒TCD（脑彩超）、M-905EII型多功能麻醉机、M9便携式监护仪、、胎儿监护仪、血凝仪、24小时动态心电图、推按运经仪、电子痔疮治疗仪、电脑超声音频综合治疗仪、激光治疗仪等新设备。
庆元县中医院坚持“以病人为中心、以质量为核心”的医院工作宗旨，弘扬“团结、精业、文明、奉公”的中医院精神，以“一切为了病人，为了一切病人，为了病人一切”为服务理念，紧紧围绕“外树形象促发展，内强素质保质量”这个主题，竭诚为人民的健康服务。