百年协和，源远流长。福建医科大学附属协和医院前身是福州基督教协和医院（又名Willis F. Pierce Memorial Hospital），为创建于1860年的福州圣教医院与创建于1877年的福州马高爱医院合并而成，为八闽现代医学的发祥地。1951年，医院被福建省人民政府正式接管，更名为福州中国协和医院。1959年，成为福建医学院附属医院，为福建省培养输送了大量各类医学专业人才，相继走出了福建省医学界各学科的开创者，被誉为“福建医学人才的摇篮”。文革初期，更名为“反帝医院”。1969年，医院被撤销，大部分人员下放。1984年，经福建省人民政府批准恢复建制。
现在的福建医科大学附属协和医院已成为一所集医疗、教学和科研为一体的大型三级甲等综合性医院。医院坐落在福州市中心风景秀丽的于山之麓，现有开放床位2200张，年门诊病人近190万人次，年收治住院病人8万余人次，开展各类手术8万余台。现有员工3350余人。其中正、副高职称（含教授、副教授）400余人，拥有博士、硕士学位的医师占医师总数的65%，有国家突出贡献专家4人、省部级个性专家9人、享受政府特殊津贴专家32人、入选“百千万人才工程”和省厅级“百千万人才工程”人选70人。
医院临床科室齐全。分别拥有6个“国家临床重点专科”建设项目、8个“福建省临床重点专科”建设项目和8个福建医科大学首批重点学科。血液病学专业也是我省“211”工程单一的西医临床重点学科。福建省超声医学、院内感染、烧伤治疗、临床输血四个质控中心挂靠我院。此外，泌尿外科、神经内科、整形外科、介入科、超声医学科、影像等专业的诊疗技术也有较突出的优势和特色。近年来，医院开展了大量的新技术、新项目，其中同种异体心脏移植手术的例数及成活率全国领先，心脏移植后再次成功移植心脏、儿童心脏移植，心脏移植后的肝移植、双肺移植、异基因造血干细胞移植治疗白血病、心脏不停跳冠脉搭桥术、急性心肌梗塞的介入治疗、腹腔镜下结、直肠癌根治术、胃癌、肝癌切除术、神经内窥镜下颅内病灶切除术、负压吸引技术在各类烧伤难愈性创面中的广泛应用、“中国式换脸”等技术已达到国内先进水平。
福建省血液病、内分泌、肝胆外科、胸心外科等11个省级研究所及其他11个校级研究机构挂靠医院，医院重视发挥科技力量雄厚的优势，近年承担大量国家“863”“973”、国家自然科学基金、卫生部、教育部及福建省级科研项目，先后获得3项国家科技进步奖、国家自然科学奖，312项省、部级等科研成果奖。承担福建医科大学的临床医学、医学影像学、医学检验学、药学和护理学等专业的临床教学任务，每年还招收培养博士和硕士学位研究生120余名。
医院拥有大批国际先进医疗设备，如：美国GE公司宝石能谱CT、3.0T磁共振，德国西门子双源64层CT、40层CT、3.0T核磁共振，美国GE公司PET-CT、全数字化血管造影机（DSA）、双探头SPECT，美国瓦里安直线加速器及GE大孔径CT模拟定位机，癫痫刀，德国多尼尔多力王者体外震波碎石治疗系统，头颅伽玛刀等。医院大型设备配置居省内领先水平。目前医院初步实现了信息化管理及后勤服务社会化。
医院重视“两个文明”建设，加强职业道德教育，努力提高医疗服务质量，1994年被卫生部评为福建省首批“三级甲等医院”，先后两次被授予“全国卫生系统先进集体”称号及“全国创建‘以病人为中心，优质服务’百佳医院”等称号。医院全体医务人员秉承“严谨、求精、勤奋、奉献”的协和精神，竭诚为海内外人民的健康提供一流服务。