南方医院系南方医科大学（原第一军医大学）第一附属医院、第一临床医学院，是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，全国百佳医院。医院创建于1941年，2004年8月随大学由军队移交广东省。
医院坐落在广东省广州市白云山东麓麒麟岗上，拥有广东省少有的花园式院区，曾被评为“全国部门造林绿化400佳单位”。现占地面积20.3万平方米，建筑面积45.8万平方米；展开床位2225张，医疗设备总值近10亿元；2010年门急诊量265万余人次，年收容量6.2万余人次。
医院设置专业学科52个，是临床医学博士后流动站；临床医学一级学科是博士学位授权学科，口腔医学一级学科为硕士学位授权学科。内科学（消化系病）是国家重点学科，外科学（骨外）是国家重点培育学科，消化内科、骨科、妇科、产科、检验科、病理科是国家临床重点专科，内科学、外科学、肿瘤学、影像医学与核医学等4个二级学科为广东省重点学科，消化内科、肾内科、感染内科、脊柱骨病外科、围产医学为广东省重点医学专科；器官衰竭防治研究实验室为教育部-广东省共建重点实验室，肾功能衰竭研究实验室、病毒性肝炎研究实验室、骨与软骨再生医学实验室、胃肠疾病实验室为省级重点实验室；有国家中药和西药临床试验机构各1个；2010年，广东省肾脏病研究所在医院挂牌成立。创办于改革开放之初的南方医院惠侨科（惠侨楼）先后收治87个国家和地区的10万余名海外各界人士，1995年被中央军委授予“模范医疗惠侨科”荣誉称号，并获江泽民主席亲笔题词嘉勉。
医院现有专业技术人员2981人，其中高级专业技术职务541人，博士研究生指导教师72名、硕士研究生指导教师114名，有115人担任省级以上学术团体主任委员和副主任委员职务，其中包括院士1人、国家杰出青年基金获得者1名、“新世纪百千万人才工程”人选2名，有15人享受国务院政府特殊津贴。
医院在消化病诊治、肾病的综合治疗、血液病治疗、心血管病诊治、肿瘤综合和生物治疗、肾、肝及多器官联合移植技术、神经病学与颅脑外科、显微创伤外科、骨科技术、介入诊疗技术、大面积烧伤救治、重大突发事件的应急救治、整形美容、围产医学与辅助生殖、影像诊断、药学等方面形成明显的技术特色与优势。医院的远程医学会诊中心可与广东、云南、海南等省的150余家医疗卫生机构开展远程医学会诊。
医院每年承担着2500余名全日制本科生和1000余名全日制研究生的管理及培养任务；是全国首批八年制医学教育培养单位之一；卫生部首批专科医师培训基地、临床药师培训基地和人类辅助生殖技术培训基地；有国家精品课程1门、特色专业3个；先后获国家教学成果二等奖1项、广东省教学成果一等奖1项；主编全国统编教材5部。
医院多次获国家“十一五”科技重大专项、国家自然科学基金广东省联合基金等重大课题资助；先后获国家科技进步二等奖8项，中华医学科技奖一等奖1项，有1人获广东省突出贡献奖、1人获“何梁何利奖”、10人获“丁颖科技奖”；自主研发的“全氟丙烷人血白蛋白微球注射剂”取得了国家生物制品I类新药证书；侯凡凡教授在新英格兰医学杂志上发表了我国大陆第一篇原创性论著，影响因子达51.296。
近年来，医院先后获得国家卫生部“2005-2007年度全国医院管理年活动先进单位”、“全国百姓放心示范医院”、“全国医院文化建设先进单位”、“中国医院管理协会科技创新奖”、“全国病历质量评比一等奖”等荣誉称号，在2010年三九健康网组织的网民投票选举中，被评为“全国受欢迎的三甲医院”；连年被评为广州市医保AAA级单位和“广州市医保管理先进单位”。近年来，在抗震救灾、广州亚运等突发事件和医疗保障工作中均有出色表现，分别被中共中央、国务院、中央军委授予“抗震救灾英雄集体”称号，被第十六届亚运会组委会、广州2011年亚残运会组委会授予“广州市亚运会、亚残运会组委会先进集体”称号。