为进一步优化卫生资源配置，实现资源共享，优势互补，经上海市人民政府同意，2002年上海纺织第三医院整建制划入复旦大学附属中山医院，成立中山医院分部暨中山医院肿瘤中心。
中山医院肿瘤中心占地面积10495平方米，建筑面积20284.77平方米。核定床位405张，有内、外、妇、儿等各科。中山医院肿瘤治疗重点移至中山医院分部，设有肿瘤放射治疗、肿瘤化学治疗及肿瘤介入治疗、肺部肿瘤诊疗中心及中西医肿瘤治疗病房等设置在中山分部。
中山医院肿瘤中心将整合本部医疗技术优势，对各种疾病特别是各类肿瘤病人联合应用手术治疗、放射治疗、放射介入治疗、超声导引局部治疗及生物治疗、中西医结合治疗，为各科及各类肿瘤患者提供优质的医疗服务。