芗城区妇幼保健院创建于1953年6月，其前身是芗城区妇幼保健所， 1990年经易地新建后，整体搬迁。1999年通过国家一级甲等妇幼院评审，成为一所集保健、医疗、科研、教学为一体的妇幼保健院，2000年3月改名为芗城区妇幼保健院。
芗城区妇幼保健院占地面积2800平方米，建筑面积4384平方米，其中业务用房面积2789平方米，保健业务面积1772平方米，绿地面积1018平方米。
芗城区妇幼保健院固定资产562多万元，其中医疗设备400多万元。主要设备有原装进口X光机、胎儿监护仪、多参数心电监护仪、阴道镜、电脑验光机、B超、全自动三分类血球仪、全自动生化仪及骨密度仪等国内较为先进的仪器，为临床提供较好的诊疗依据。医院下设科室有：婚前保健、妇女保健、儿童保健、围产保健、生殖保健、健康教育、产科、妇科、外科、儿科五官保健等以及辅助科室：X光、B超、检验、药剂、手术室等。