重庆协和医院男科作为西南单一一家“全国十大男科诊疗基地”，于2010年4月，由中华医学研究会、中国中西医结合男科学会评出，作为业内对重庆协和男科临床诊疗与学术创新的研究型科室的业内高度认可。重庆协和男科由享受国务院特殊津贴的博士生导师、男科学张元芳教授担任常年顾问，汇集了张绍增、万全福等多名教授、主任、副主任级医师及高年资主治医师坐诊，同时和法国巴黎第五大学附属医院结成技术联盟，紧跟国际男科学研究新动态。
男科率先在从美、德、日等国引进了大批高、精、尖医疗设备，如：腔道介入治疗系统、体外电场热疗系统、光导微波前列腺治疗系统、智源肽消融系统、前列腺电化学治疗仪、螺旋热磁消融治疗系统、前列腺汽化电切治疗仪、全自动性功能检测分析系统、电脑精子质量分析仪、可控型ED数码诊断治疗系统等先进设备，为男性患者提供高质量的健康服务。
男科在男性功能障碍、前列腺疾病、泌尿生殖感染、生殖整形、生殖肿瘤等男科疾病领域颇有建树，每年开展各种泌尿外科手术多例，尤其在应用腔内技术治疗输尿管结石、前列腺增生及肾、膀胱肿瘤等方面，取得了良好临床疗效，达到国内外先进水平。
重庆协和医院男科凭借着对男性疾病的透彻解析、科学规范化的管理、过硬的专业技术水平、全方位的服务，成为西南地区男性患者放心选择的品牌专科。
重庆协和医院是集医疗、预防、康复、保健、科研为一体的现代化综合性医院，总面积16000余平方米，编制床位300余张。严格按照国际通用标准进行医院设计与装修，采用ISO9001A医院通用管理模式进行标准化管理。
投入巨资引进国际高新诊疗技术设备，汇集众多医学界权威专家，是一所硬件设施齐全，科室配置完善的现代化医院。医院秉承协和百年医风，随时关注现代医学的发展和走向，及时引进国内外医疗研究较新成果，竭诚为广大市民提供高质量的医疗服务。
重庆协和医院拥有美国GE双层螺旋CT、海极星超声聚焦治疗仪、美国GE公司V730型四维彩超、德国西门子B超、高频电刀、螺旋式超短波、德国STORZ宫·腹腔镜、鼻窦内窥镜、美国MD公司全自动系列生化分析仪等高精设备。
按照美国联邦209E标准建立层流洁净一级手术室，同时组建现代化智能医疗信息网络，远程会诊系统，中心供氧，中心呼叫，中心吸引系统，采用电子导向、指示导向、员工导向全面标示导向系统。为医疗质量与医疗安全提供了坚实的物质基础。
重庆协和医院拥有正、副高级职称以上专家60余名，博士、硕士等高学历人才占全院总人数的50％以上，并由众多、省部级重点学科带头人承担临床一线医疗任务，组建了一支老、中、青结合的专业医疗队伍。
并定期邀请北京、上海等地知名专家亲赴重庆同台手术，并运用远程网络学术交流系统进行学术交流，采用远程会诊系统对疑难病患进行现场会诊，以严谨的学术精神，丰富的临床经验让患者真正体验到国内最权威专家的一流医术。
重庆协和医院秉承协和医疗集团 “5S”服务模式：微笑（smile），效率（speedy），认真（sincerity）、安全（security）、跟踪（sostenuto）。
以一体化、人性化服务理念，打破“病人来医院是看病，医院对病人是只管治好病”的传统观念，更多的关注患者心理感受与体验，不仅只是单纯的治好患者身体上的疾病，更注重患者心理创伤的治疗和心理健康。
重庆协和医院首推“一人一医一诊室”的特色诊疗，就是想充分保护患者隐私，并专门开展“一站式”全程导诊服务，努力在为患者就诊带来便利与温情的同时，通过亲切、温馨的医患沟通方式，消除病人的惶恐与担心。
“救死扶伤，济困扶弱”是每一个医疗机构的社会使命，重庆协和医院，坚持“廉洁行医，诚信医疗”的办院原则。严格执行国际ISO9001A质量管理体系标准，全面监控医疗质量，医生严格奉行“循证医学”理念指导并管理临床诊疗，诚信行医，拒绝一切不良医风，让患者享有充分的知情权、选择权，努力让每位患者享受到高效、廉价的医疗服务。重庆协和医院将秉承协和医风的优良传统，发扬人道、博爱、奉献的红十字精神，为广大重庆市民的身心健康作出贡献。
2005年5月，第一个引进美国GE四维彩超系统
2005年6月，第一套美国COOK导丝系统、德国STORZ三晶片宫•腹腔镜系统投入临床使用
2006年2月，美国GE双层螺旋CT投入临床应用
2006年4月，重庆市第一台前列腺电化学治疗仪在重庆协和医院投入临床应用
2005年9月，重庆协和医院被授予为重庆市超声医学工程学会超声诊断会诊中心
2005年10月，澳大利亚布里斯班市市长莅临我院参观指导
2005年11月，重庆协和医院与“澳大利亚布里斯班市皇家妇女医院“结为友好医院
2006年1月， 重庆协和医院被指定为市医保定点单位
2006年4月， 重庆协和医院被授予为“重庆市生殖健康学会会员单位”
2006年5月， 重庆协和医院被授予为“国家乳腺癌患者定点救助单位”