南京市秦淮中医医院是南京市政府确认的二级医疗机构、医保定点单位。位于南京市中华路512号，紧邻名胜古迹中华门城堡，医院分为门诊楼区与病房楼区，面积达5000多平方米，医院按照门诊环境宾馆化、住院病区家庭化、医护服务礼仪化、诊疗检查优质化、收费款项公开化、治疗用药合理化的要求满足来诊病员的需要。
南京市秦淮中医医院以中医中药为主要特色，其中医妇科、针灸科为南京市重点专科，也是全市重点专科示范科室。因该院擅用中草医药治疗各种疑难病症，在本市和省内外享有较高声誉，港澳、欧美及海外的患者也慕名前来就诊。
南京市秦淮中医医院现有职工80余人，其中包括省市名中医在内的中高级职称人员占49％，初级职称人员占38％，中医药人员占61％，开展的诊疗科目有特色科室如中医妇科、针灸科、小儿科、皮肤科、男性科、骨伤科等专科专病门诊达15个，普通科室20余个，同时医院开展各项常规检查、放射、B超、心电等项目，也围绕专科专病开展诸如输卵管照影、精液分析、不孕免疫分析、各种微生物培养分析、微量元素分析、各种生化分析等高精技术的检验检查。
拥有万元以上设备10多台如：500毫安电视遥控X光机、日本原产B超、意大利半自动生化仪、免疫荧光检测仪、全自动电脑多功能显微图像分析仪、微量原素检测仪、电脑全自动牵引床、全自动电脑中药煎制设备等大型医疗设备及百十种中小型医疗检查治疗设备。