医院科室设置齐全，设有急诊科、内科、外科、妇科、产科、儿科、预防保健科、美容科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、泌尿科、中医科、肝病科、肛肠科、体检科、医学影像科、检验科、重症监护室和标准层流无菌手术室等30多个现代化临床诊疗科室，医院还设有健康体检中心，为广大客户提供体检及健康管理服务
医院技术力量雄厚，由我国泌尿外科（男科）学科带头、北京大学泌尿外科医师培训学院院长、中国工程院院士郭应禄教授担任顾问；中央保健组专家，中华医学会广东省骨科学会主任委员、博士生导师、中山大学第二附属骨科主任导师刘尚礼教授担任顾问；中山大学第二医院神经外科主任、博士生导师李方成教授担任顾问；我国知名泌尿外科专家、广州医学院附属港湾医院院长李逊教授担顾问；我国知名泌尿外科专家、博士生导师董诚教授担任院长。现有各类优秀医学人才280多名，其中，教授主任16人，副主任医师61人，中级职称86人。博士生2人，硕士生6人，硕士研究生3人
医院坚持走科技兴院之路，斥巨资从国内外引进一系列尖端的诊疗设备，包括：西门子核磁共振成像系统、西门子螺旋CT机、PET/CT直线加速器、西门子模拟定位机、数字化X线检查系统（DR）、西门子多功能数字减影造影系统、西门子全数字胃肠X光机、宫（腹）腔镜、TCT检测仪、前列腺电切系统、前列腺腔道介入治疗系统、四维彩色超声系统、生化分析仪、急救呼吸设备等在内的大型医疗设备200多台（套），为保障医疗质量与安全，不断提高技术水平，奠定了良好的基础
医院立足于“顾客至上，质量第一”的服务理念，倡导人性化医疗服务，实行365天无假日门诊，全程跟踪服务，为患者提供全方位优质服务；电脑收费存档备查制度，规范医疗收费，让广大患者透明消费、放心就医；开设特需门诊和VIP病区，为有需要的人群提供高端服务。医院率先在东莞推出“惠民医院”的经营模式，打造东莞首家平价医院，最大限度让利于患者
东莞港湾医院秉承“以病人为中心，以质量为核心，一切为了人民的健康”的办院方针，坚持依法执业、规范管理、科学建院、优质服务，竭诚为广大市民提供安全、快捷、优质的医疗服务。
医院拥有：西门子核磁共振成像系统、西门子16层螺旋CT机、PET/CT直线加速器、西门子模拟定位机、数字化X线检查系统（DR）、西门子多功能数字减影造影系统、西门子全数字胃肠X光机、宫（腹）腔镜、TCT检测仪、前列腺电切系统、前列腺腔道介入治疗系统、美国PVP绿激光、四维彩色超声系统、生化分析仪、急救呼吸设备等在内的大型医疗设备200多台（套）。
医德医风示范医院、妇联公益事业合作单位、南方医科大学技术协作单位、120急救网络医院