经过60多年的发展，中山医院本部目前占地面积73188M2，建筑面积178687M2。核定床位1272张，年门急诊量近120万人次，住院病人 2.5万人次。中山医院在松江天马山境内和延安西路1474号设有分部，青浦区中心医院因委托中山医院管理而成为中山医院青浦分院。院本部现有员工 2300多人，正副教授或者正副主任医师360人，中国科学院院士和工程院院士3人，医师600多人，护士近700多人，医技人员450多人。
医院拥有先进的医疗设备，包括全数字平板式心血管造影机（DSA）2台、直线加速器、多层面螺旋CT、1.5T磁共振断层扫描仪、同位素单光子发射计算机断层扫描仪（ECT）、数字化X线成像系统（DR）、高能超声聚焦治疗机、震波碎石机、彩色多普勒超声诊断仪、电子胃镜和介入放射造影仪（DCI）、重症监护系统和远程医疗会诊、远程医疗教学系统等等。
中山医院本部设有除小儿科以外的所有科室、综合实力雄厚。心脏、肝癌、肾脏和肺部疾病诊治是医院的重点和特色，诊治水平始终处于国内领先地位。其中心血管病和肝肿瘤为上海市临床医学中心。上海市心血管病研究所、复旦大学肝癌研究所、上海市影像医学研究所、上海市中西医结合康复研究所、复旦大学呼吸病研究所、复旦大学血管外科研究所、复旦大学核医学研究所设在院内，成为医院重要的研究机构。上海市院内感染质控中心和超声质控中心也挂靠我院。
腹部外科、骨科、介入放射、麻醉科、超声诊断和中西医结合等科室以及十余个临床医疗诊治中心皆颇具特色，并且具有强大的医疗和科研实力。每年承担国家、卫生部和上海市重大科研项目近百项。
近年获、教育部、卫生部和上海市科技成果奖百项。院内设有博士点15个，硕士点18个，博士后点4个。每年举办继续医学教育学习班近30期，招收进修医生300余名，为国家培养了许多高级医学人才。