莆田市妇幼保健院前身是莆田县妇幼保健院，成立于1982年，承担着联合国儿童基金会合作建设妇幼卫生示范县任务。2002年4月因区划调整升格为莆田市妇幼保健院，隶属市卫生局管理，是非营利性的公益性事业单位。2007年被福建省卫生厅认定为莆田市单一一家产前诊断机构，为全市孕妇提供胎儿缺陷筛查与诊断。
莆田市妇幼保健院占地7083平方米，建筑面积7208平方米，现在编人员62人，其中卫生技术人员54人，占87%，高级职称18人，中级职称17人。设有产前诊断中心、妇女保健科、儿童保健科、信息资料科、婚检科、妇产科、儿科、五官科、内外科、检验科、药房、B超心电图室等15个医技科室和5个职能科室。拥有一批先进的仪器设备，如三维彩超、腹腔镜、宫腔镜、阴道镜、全自动生化分析仪、血球计数仪、乳腺扫描仪等，固定资产达千余万元。
莆田市妇幼保健院始终坚持“以保健为中心，以保障生殖健康为目的，实行保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”的妇幼卫生工作方针，按照我市妇女儿童发展纲要(2001～2010年)的目标和要求，建立健全了三级妇幼保健网络，开展孕产妇和儿童系统管理，推行降低孕产妇死亡率干预措施和免费婚前医学检查工作，实施预防艾滋病母婴传播和新生儿疾病筛查及妇女病普查普治工作。
负责指导和开展本辖区的妇幼保健健康教育与健康促进工作，开展包括青春期保健、婚前和产前保健、孕产期保健、更年期保健、老年期保健的妇女保健和包括胎儿期、新生儿期、婴幼儿期、学龄前期及学龄期儿童保健等公共卫生服务项目。
同时还开展妇女儿童常见病多发病的防治，重点是城镇居民和企事业单位及农村妇女病普查普治，和除仙游县、涵江区以外区域的婚前医学检查；开展广泛子宫切除、乳腺手术、剖宫产、男女计生各种手术和腹腔镜下进行子宫切除、卵巢肿瘤切除、宫腹腔镜联合下输卵管吻合术，优生优育、儿童智力开发、不孕不育诊治等诊疗项目。
莆田市妇幼保健院先后被授予市文明单位、省级“巾帼文明岗”、“福建省优生优育工作先进集体”，市“先进基层党组织”等光荣称号。