孕妇服用抗生素对孕妇、胎儿都有可能造成危害，因此在妊娠期间要禁用或慎用各种抗生素，非用不可者，应在医生指导下使用。整个妊娠期禁用的抗生素链霉素、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、万古霉素等，对胎儿的耳产生毒性作用。
多粘菌素等，对肾脏和神经系统有毒性作用，并能通过胎盘影响胎儿。 四环素能影响骨骼生长发育，在妊娠晚期大剂量使用四环素可引起肝脏脂肪变性和造成孕妇死亡。两性霉素B、灰黄霉素等，对神经系统、血液、肝脏和肾脏有较大的毒性，对胎儿有致畸作用，也可能引起流产。
妊娠某阶段禁用的抗生素妊娠早期即妊娠12周内禁用氯霉素、乙胺嘧啶、利福平、磺胺药等。 妊娠28周后禁用氯霉素、乙胺嘧啶、磺胺药和呋喃妥因等药物，氯霉素、利福平、乙胺嘧啶可致胎儿尿道和耳道畸形、耳聋、肢体畸形、脑积水、死胎及新生儿死亡，磺胺药可致新生儿黄疸及溶血性贫血，呋喃妥因可致新生儿溶血。
整个妊娠期都可使用的抗生素青霉素类、头孢菌素类、红霉素和林可霉素等抗生素，可以在妊娠期内使用，对胎儿一般不会引起不良反应。 青霉素类药物在使用之前必须做青霉素过敏试验，以免发生药物过敏反应。
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