南通市第三人民医院始建于1962年，原为南通市传染病医院，现已发展成为一所集医、教、研于一体的具有显著专科特色的三级全民所有制综合医院，南通大学附属南通第三医院，江苏省基本现代化医院试点单位，附设南通市肝病研究所。 医院现有职工800余人，高级专家教授118人，开放床位606张，年门诊量约25万人次，年住院约10000余人次。医院占地面积80亩，建筑面积30769㎡，设有1个分院，43个临床医技科室，2个门诊部，8个社区卫生服务站，17个病区。 医院技术力量雄厚，建有以肝肾移植术、抗肝炎病毒、不停跳冠脉搭桥术及心内直视手术为标志的达到国内先进水平的九个医疗中心：肝病诊治中心、肝肾移植中心、消化内镜中心、心脏中心、肝癌及肿瘤诊治中心、肾脏病诊疗研究中心、介入放射治疗中心、骨科及断肢（指）再植中心、烧伤整形医疗中心。
拥有美国GE永磁磁共振影像系统、螺旋CT、DSA、CR、全息彩色多谱勒超声诊断仪、腹腔镜、日本产人工肝支持系统、富士能系列电子内窥镜、德国费森尤斯4008H联机、血液透析滤过机及劳尔水处理系统等大型仪器设备。
医院近年来取得省市科研成果21项，各项主要效率、质量和效益指标或平均增幅连续四年名列南通市市级医院第1名。是全国首家“无红包”医院，江苏省唯一的“全国职工职业道德建设先进单位”、是“全国卫生系统先进集体”、“江苏省卫生系统先进集体”，“江苏省卫生行风先进集体”、江苏省委省政府表彰的“抗击非典工作先进集体”、南通市“花园式单位”，并荣登市“十佳医院”榜首。