真菌性肠炎多见于2岁以下婴幼儿，起病可急可缓，表现为有长期粘液样腹泻、腹泻和便秘交替出现。由于临床上较为少见，该病很容易和普通肠炎混淆，甚至可能被误当成感冒发烧的症状治疗，但使用广谱抗生素、肾上腺皮质激素等往往久治不愈，只有口服抗真菌药物才能达到疗效。
真菌性肠炎的临床症状是大便次数增加，为黄色稀水便、泡沫多、有粘液、有发霉气味，有的像豆腐渣样，严重的可见脓便或脓血便，可有低热、呕吐、腹胀及腹痛。 由于真菌性肠炎是由白色念珠球菌感染所致，分泌物往往可见白色，和一般腹泻就有所区别，而另一个特点是腹泻和便秘可交替出现，同时患者肛门周围可见一块块豆腐渣样物质。
真菌性肠炎和普通肠炎的治疗迥然不同，后者多由细菌感染引起，用点抗生素就好了，而真菌性肠炎是由真菌侵入肠道所致，只有抗真菌药才能对抗它。 由于临床上较为少见，真菌性肠炎常被误诊为普通肠炎或当成感冒引发的腹泻治疗，那么就可能过度使用广谱抗生素和肾上腺皮质激素，其结果是不但没有疗效，反而会使机体和组织的抗病能力进一步减弱，或导致肠道菌群更加失调，以至拖延病程、加重病情。
鉴于滥用抗生素和激素可诱发真菌感染，如果孩子在发生长期粘液样腹泻之前曾经有过发烧、感冒、肺炎等病史，就可以怀疑患真菌性肠炎的可能。 而腹泻伴有口腔感染特别是鹅口疮的孩子更要高度重视，因为鹅口疮也是由真菌感染引起，而真菌可通过消化道侵入肠道，从而导致真菌性肠炎。
另外，父母或家人患有灰指甲、脚气病等真菌性皮肤病，也可能通过接触导致孩子患病，尤以月子里的小婴儿多见。一旦确诊真菌性肠炎，应口服抗真菌药物及在肛门处外擦抗真菌软膏。 父母在家也可用高锰酸钾兑水（通常是在一盆水里放一至两粒高锰酸钾），能有效缓解腹泻对孩子肛门的刺激。
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