崇明县妇幼保健所是一所二级专业医疗机构。单位总面积为3378平方米，业务用房面积3109.33平方米。
县妇幼保健所目前职能科设有：办公室、质量管理科、健教信息科及总务科。业务科室有：妇保计生科、儿保科、预防保健科、中医科、皮肤科;门诊设有：妇科门诊、产科门诊、激光治疗门诊、门诊手术室、乳腺保健门诊、妇女病筛查门诊、儿保门诊、小儿推拿门诊、智测门诊;医技辅助科设有：超声科、心电图、检验科、药剂科、放射科。每周五：开设超声科专家门诊。
县妇幼保健所担负着全县妇女、儿童的预防保健、健康教育的指导与督查工作。服务人数占全县总人口的三分之二。为不断满足日益增长的妇幼保健需求，县妇幼保健所开设了多种智力测试项目，包括：筛查性的DDST、PPVT、绘人测试等项目;还开展了盖泽尔、韦氏等诊断性智力测试，为早期发现智力发育异常儿童提供了科学依据。同时在县内率先开展了儿童PA2听力测试以及在全县各接产医院开展了对初生3-7天内儿童的听力筛查工作，分别配备了耳声发射仪，使听力异常儿童能得到及早发现、及早干预，尽可能实现“聋儿不哑”。
医技辅助科设有：超声科、心电图、检验科、药剂科、放射科。