昌平中医院始建于1984年的昌平县中医门诊部，于1992年12月26日正式建院。建院十年来，医院靠科学管理治院，以改革统揽全局，以不断创新求发展，确定了“ 以病人为中心，以质量为核心，以特色为优势 ”的办院方针，以“ 优质、高效、低消耗”为总体目标，走科技兴院之路。全院干部职工同心同德，积极进取，锐意改革，使医院的医、教、研、防各项工作均得到了全面发展和提高。1995 年6月被联合国基金会、世界卫生组织、国家卫生部命名为“爱婴医院”；同年10月，被国家中医药管理局评为“ 二级甲等中医医院”。现已成为昌平地区集中医医疗、教学、科研、防保、康复为一体的综合性中医医院。
昌平中医院占地面积25.6 亩，建筑面积 16880 平方米，资产总计过亿元，其中医疗设备6927万元。现有职工567人，其中卫生技术人员占全院职工总数的82%，高级职称45人，中级职称 117人，初级职称 330人。年门诊量 44.3万人次，开设病床285 张，年住院人次 8000余人次，平均床位使用率为 90%。医院设有内、外、妇、儿等 22 个临床科室，市重点专科 1 个，院重点专科 2个，医技科室4 个，病区10 个，急救中心1 个，分院2个。
昌平中医院在取得“爱婴医院”和“二级甲等中医医院 ”称号后，加大管理改革力度，全面突出以内涵建设为中心，推出“六新”管理改革机制： 即培养引进高新技术人才、开展新技术、扩大新病源、推出新机制、增加新设备、实行全新优质服务。
昌平中医院近年来坚持科技兴医、科教兴院的战略，获得区、局科技进步奖16项。在和省市级刊物上发表学术论文190 篇，其中 146 篇，省市级 44篇。
昌平中医院先后引进了日本日立医疗AIRIS - mate永磁型核磁共振、西门子Sequoia-512 Signature 型高档彩色多普勒超声诊断仪、aloka公司生产的ssd/alpha10新型彩超、日本日立医疗SF-VA200大型C臂血管造影装置（DSA）、日本日立医疗 DHF-105CX-9小 C 臂、HITACHI RADIX-PRONTO（XE）产螺旋 CT、数字化乳腺机、日本OLYMPUS 大型全自动生化分析仪（AU640）、数字化影像处理系统、放免仪、免疫发光仪、R-50 X光机、麻醉机、监护仪、“费森尤斯”4008S血液透析滤过机、“费森尤斯”4008S血透机、主动脉球囊反搏泵、奥林巴斯V70电子胃肠镜、蛇牌腹腔镜、阴道镜、关节镜及重症监护设备等大型医疗设备，使医院诊断治疗水平得到了长足发展。
昌平中医院为满足广大患者需求，医院设有普通门诊和专家门诊，住院部设有普通病房和高级病房，实行全年365天无假日门诊，随时为患者提供全员、全程、全方位优质服务。2003年12月一栋 3128.66平方米的五层新的综合病房大楼竣工并投入使用。昌平区中医院全体员工正向着现代化综合性中医医院的目标而奋力进取！
