瑞金医院建于1907年原名广慈医院是一所三级甲等大型综合性教学医院医院占地面积12万平方米建筑面积24.5万平方米绿化面积4万平方米核定床位1600张全院职工3445人其中医师1010余人（其中正副教授及各类高级科技人员593人）拥有中国科学院院士陈竺中国工程院院士王振义陈赛娟等一大批在国内外享有较高知名度的医学专家医院设有34个临床科室9个医技科室；现有国家教育部重点学科3个（内分泌血液消化）上海市重中之重学科1个（血液）上海市重点学科1个（内分泌）上海市优势学科一个（肾脏）上海市教委重点学科6个（消化外科血液科内分泌科骨科烧伤科心脏内科）上海市卫生局医学领先专业重点学科3个（消化外科血液科肾脏内科）医院还有6个市级研究所（上海市伤骨科研究所上海市高血压研究所上海市内分泌研究所 上海烧伤研究所上海血液学研究所上海消化外科研究所）2个校级研究所（上海交通大学医学院神经病学研究所上海交通大学心血管病研究所）1个院级研究所（感染病与呼吸病研究所）8个校级研究室3个院级实验室此外还建立了国家重点实验室和教育部重点实验室各1个（医学基因组学重点实验室）2个卫生部重点实验室（人类基因组重点实验室内分泌代谢重点实验室）4个上海市重点实验室（人类基因组研究重点实验室血管生物学重点实验室中西医防治骨关节病损重点实验室内分泌肿瘤重点实验室）并通过整合上述科研力量建立了附属瑞金医院生物医学研究院同时还建有与临床诊疗密切结合的一些中心包括分子医学中心糖尿病研究中心血栓与止血研究中心血液病诊治中心基因诊断中心眼科中心青少年生长发育中心介入治疗中心生殖医学中心等另外上海市卫生局有4个质量控制中心（康复骨科心脏介入血液）挂靠在瑞金医院
瑞金医院于20世纪50年代成功抢救邱财康后大面积烧伤治疗始终处于世界先进水平；70年代在国内率先开展了心脏和肝脏的移植手术；90年代在白血病分子生物学研究和临床医疗领域取得了重大进展；21世纪日臻完善的器官移植使得许多病人将这里视为生命的绿洲为此医院获得了全国卫生系统先进集体（6次）全国百佳医院；全国创建文明行业先进集体全国卫生系统先进思想政治工作研究会；上海市文明单位（9次）；全国模范职工之家；全国青年文明号全国“五四”红旗团组织创建单位等
瑞金医院以所取得的成就和荣誉为动力为了进一步适应市场需求医院积极开展高精尖诊疗技术如微创伤手术关节镜手术心血管介入治疗眼科准分子激光术等并充分利用医院综合医疗优势实行多学科或跨学科联合会诊制使医疗诊治水平日益提高同时医院还将发展目标定位在研究型医院上借助医院9个市级研究所医院在肾脏内科消化内科内分泌高血压中医伤科急性坏死性胰腺炎生殖医学等学科中颇具特色特别是国家重点研究所的科研优势立足临床加大科研力度为人民健康创造出了许多临床新成果医院还不断深化人性化服务推出了“以优质的医疗使病人放心以一流的服务使病人称心以优美的环境使病人舒心”的“三心工程”以温馨便捷优质高效的服务赢得了社会和病家的信任促进了医院两个文明建设的发展
瑞金医院是上海交通大学医学院少有的临床教学基地“瑞金临床医学院”也设在医院中承担医学系检验系高级护理系的临床教学任务并接受上海交通大学医学院夜大学高级医师进修班及来自全国各地医院的进修学员的临床教学任务
近年来瑞金医院获得各类科研项目300余项包括国家自然科学基金重大项目重点项目面上项目国家科委863项目S863项目973项目攀登计划国家八五攻关项目九五攻关项目卫生部科研项目国家教委留学生基金项目上海市级科研项目等重大项目医院现有硕士生点29个博士生点22个具有招生资格的博士生导师66名具有招生资格的硕士生导师84名内外科均为博士后流动站医院的科研技术人才在国家杰出人才基金国家教委跨世纪人才培养基金上海市启明星计划启明星后计划上海市曙光计划上海市卫生系统百名跨世纪个性学科带头人计划中占有较重比例还获得一系列有很高含金量的国际奖项如：美国灼伤协会伊文思奖意大利惠特克国际烧伤奖美国凯特林癌症奖瑞士布鲁巴赫癌症研究奖法国卢瓦茨奖和祺诺台杜加奖以及香港何梁何利基金技术奖等为了引进先进的技术和设备瑞金医院还积极开展对外交流与协作与法国美国英国加拿大比利时日本澳大利亚等国家和香港台湾世界卫生组织等地区和组织有着广泛的联系并建立了多项科研合作
1999年8月4日为了贯彻落实国家卫生改革工作的精神探索市场经济条件下医院发展的新模式实现“以比较低廉的价格提供比较优质服务”的宗旨瑞金医院率先与部分医疗机构实行资产重组建立了上海瑞金医院集团初步实现了跨地区跨行业跨级别跨部门医疗资源的重组使以瑞金医院为核心的区域医疗卫生中心逐步形成四年多来瑞金医院与集团下属的医院分部卢湾分院闵行医院和台州中心医院都取得了明显的经济效益和社会效益
2002年10月25日瑞金医院在科研工作模式的探索上又迈出了坚实的一步在国内开创性的成立了“生物医学研究院”从而形成了“大科研”的新格局实现科研体制用人机制和科学研究等的全面创新该研究院以瑞金医院的研究力量为主联合中国科学院上海生命科学研究院原上海第二医科大学健康科学中心国家人类基因组南方中心等科研单位是我国第一个以医院为主体的将生命科学与临床医学紧密结合的研究与开发机构研究院所奉行的“但求所用不求所有”的用人原则真正实现了人才的“柔性流动”使更多科研人员有了施展才华的舞台和空间
2007年瑞金医院门急诊人次达203.8万手术例数达2.34万次出院病人5.99万人次平均住院天数为10.04天