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“补办”房产证对卖房协议有什么影响？

2008年10月20日，甲乙签订《房屋买卖协议书》，乙将自己名下的一套 120平方米的商品房以48万元的价格卖给甲。甲与乙签订房屋买卖协议后， 双方当即到甲开户的银行办理了转账，甲将48万元汇到乙的账户，乙为甲出 具了收到甲48万元购房款的收据，并当场将房产证交付甲。
乙所交付的房产 证上所有人为乙。其后不久，乙又以房产证遗失为由向当地建设局申请重新办 理房产证，并于2009年10月10日获新证，证上所有权人为乙和第三人丙 (乙的妻子），系共同共有。 甲诉至法院，诉称乙未能按合同约定协助其办理房屋过户手续，请求确认 二人签订的房屋买卖协议合法有效。
审理过程中，人乙与第三人丙述称，2008年10月20日甲、乙之间的 《房屋买卖协议书》未经第三人丙同意，损害了第三人的利益，系无效协议。 法院认为，甲有理由基于房产证的公信力相信乙出卖登记在其个人名下的房屋 为其个人所有，且甲已人住该房屋多年，第三人丙应当知晓该房屋的情况。
乙辩称和第三人丙述称该房屋系租给甲使用，但不能提供证据加以证明。 法院认为，双方签订了房屋买卖协议，乙交付了房屋及原房产证，并出具了购 房款收据，结合甲占有使用该房屋至今的事实，明显不属于房屋租赁交易 行为。 法院最后认为，甲、乙双方签订的房屋买卖合同合法有效。
甲的诉讼请求 应予支持。