代谢组学基于多元统计分析方法进行的，在样品准备上相对于转录组和蛋白质组而言需要更多的重复数据。一般建议植物样品：最少6次，建议8次生物学重复。模式动物及微生物样品：最少8次，建议10次生物学重复。临床样品：30次生物学重复以上，如组织样品不好取样，可控制在20次重复以上。
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